“Het hele verhaal bijeen”, dit motto omschrijft het verhaal van Museum de Scheper. Het begint in een ver verleden, voordat er mensen zijn, met de vorming van het Achterhoekse landschap. Ooit was hier tropisch moeras, later zee en het landschap van nu is grotendeels gevormd door ijstijden. De eerste bewijzen van mensen zijn vuurstenen van jager-verzamelaars die hier rondtrokken, waaronder een vuistbijl van de neanderthalers. Na de laatste ijstijd worden de mensen boeren en gaan huizen bouwen. Daarvan presenteert het museum schaalmodellen en ook hun aardewerk en werktuigen zijn te bewonderen.
Bijzonder is de grote verzameling urnen uit de bronstijd en ijzertijd van De Scheper. Crematieresten uit een van die urnen zijn uitgelegd op een skelettekening, zodat de bezoeker precies de herkomst van de botfragmenten kan vaststellen. Een echte topvondst is het Bronsdepot van Eibergen, een collectie bronzen sieraden en werktuigen die als offer zijn begraven. Ze behoren tot de belangrijkste bronstijdvondsten in Nederland. Een interactieve opstelling leert hoe archeologen opgraven. Het ontstaan van Eibergen, ooit bijna een stad, wordt getoond met behulp van kaarten, een maquette en vele objecten, zoals vondsten uit de grachten, een middeleeuwse waterput en de Muntschat van Haarlo met zilveren munten uit de dertiende eeuw.
De afdeling Textiel toont kleding van de boeren- en ‘stadse’ bevolking. Twee afdelingen Industrie zetten het verhaal over de industrialisering uiteen, met uiteraard de textielindustrie, maar tevens de Eibergse leerindustrie die tot ver over de grens bekend was. De invloed op het dagelijkse leven door de grote culturele en technische ontwikkelingen in de twintigste eeuw is het thema van de afdeling Wonen. De komst van elektriciteit, met gloeilamp, koelkast en wasmachine, heeft ingrijpende gevolgen, niet in de laatste plaats voor de vrouwenemancipatie. Economische en sociale veranderingen creëren aan de ene kant meer vrije tijd en aan de andere kant meer welvaart. Recreatie wordt steeds belangrijker, waarbij radio en televisie als nieuwe media perfect aansluiten.
In het trappenhuis naar de museumzolder is een bescheiden maar gevarieerde schilderijengalerij. Op de zolder zelf is, naast een grote ruimte voor tijdelijke exposities over geschiedenis of kunst, ´het schooltje op zolder’ aanwezig. Dit is ingericht als een noodschool in de Tweede Wereldoorlog, toen de Duitse bezetter de schoolgebouwen had gevorderd. In de tuin van de villa is de negentiende eeuwse boerderij De Vuurrever uit Haarlo herbouwd. Deze was tot de verplaatsing naar het museum nooit ingrijpend gemoderniseerd en illustreert op authentieke wijze het premoderne boerenleven.