In 1188 wordt onder de naam ‘Parochia Hockesberghe’ voor het eerst melding gemaakt van een christelijke kerk in Haaksbergen. Men neemt aan dat er zich al eerder, rond het jaar 1000, een kerkje heeft bevonden op de locatie in het centrum van Haaksbergen waar nu de Sint-Pancratiuskerk staat.
Tijdens de Reformatie - in Haaksbergen pas in 1646 – verandert de religieuze identiteit van de kerk. Na deze periode wordt de kerk door de Nederduytsch Gereformeerde Kerk gebruikt als plaats van eredienst.
In de tijd van Napoleon wordt de kerk aan de rooms-katholieken teruggegeven, en verrijst op plaats van de huidige protestantse kerk een nieuw godshuis. Intussen krijgt deze landelijke kerk een nieuwe naam: Nederlandse Hervormde Kerk.
Bij een grote dorpsbrand in 1851 brandt de Sint-Pancratiuskerk af. Op dezelfde plaats wordt een nieuwe kerk gebouwd die er nu nog staat.

Tijdens de bevrijding op 1 april 1945 wordt een steen uit de steunbeer van de Sint-Pancratiuskerk beschadigd. De pastoor laat daar een gedenksteen plaatsen met de tekst:
LIBERATIO A VI TEUTONICA A O MCMXLV.I.IV ofwel ‘Bevrijd van de Duitsers anno 1945-01-04’.
In de oorlog is de klok door de Duitsers omgesmolten tot oorlogsmaterieel. Een nieuw exemplaar wordt in april 1949 opgehangen en de gemeente roept de ingezetenen van Haaksbergen op om een passende inscriptie voor de klok te bedenken. Uiteindelijk komen de volgende woorden in de kerkklok te staan:
"Mijn voorganger, door 's vijands nijd geroofd, gesmolten tot kanon, vervang ik thans, in groote dank, omvat mijn roep de vrijheidsklank."
Wil Hekhuysen uit Apeldoorn dreigt in de oorlog te worden uitgezonden naar een werkkamp in Riga en besluit daarom onder te duiken. Hij belandt uiteindelijk in Haaksbergen. Aangezien de oud-Amsterdammer officieel niet als Haaksbergenaar staat ingeschreven, mag hij eigenlijk niet meedoen. Maar hij levert onder het pseudoniem 'NNN' toch een bijdrage in. Zestig jaar na dato is pas bekend geworden dat hij de bedenker van de tekst is doordat oud-Haaksbergenaar Ronald Floors bij toeval met Wil Hekhuysen in gesprek raakt.

Een muurschildering in de Pancratiuskerk uit 1947 van Herman Walstra